Barghouti fue quien en 2006 prisiones en Israel impulsó el Documento de Reconciliación Nacional de los Prisioneros.​ Dicho documento, impulsado inicialmente por Marwan Barghouti y por líderes de Hamás, el FPLP, la Yihad Islámica Palestina y el FDLP, proponía unas bases sobre las que formar un gobierno de coalición en el Consejo Legislativo Palestino: solución de dos estados viviendo uno al lado del otro, basados en las fronteras anteriores a 1967; implementación del derecho de retorno; abandono de la lucha armada en el interior de Israel; introducción de la democracia en Palestina e igualdad de derechos para la mujer.​ Significativamente, el documento también solicitaba la apertura de negociaciones con el estado de Israel para la consecución de una paz duradera.