Aunque Clacso integre centros y grupos de trabajo muy heterogéneos, durante estos años su línea política fue la del apoyo incondicional y acrítico a los progresismos. Esto le hizo mucho daño a Clacso como institución, le quitó credibilidad, pues lejos de convertirse en una usina de pensamiento crítico, diverso, plural, desde la secretaría ejecutiva se tendió a homogeneizar miradas y visiones, convirtiendo a la institución en un ventrílocuo de los líderes y lideresas del progresismo. El cuestionable arte de la ventriloquía se combinó con la expansión de una suerte de comisariado político regional, que algunos ex secretarios de Clacso ejercen todavía hoy con particular vehemencia, ante las críticas que se han venido realizando desde dentro del espacio de las izquierdas (al neoextractivismo, a los gobiernos crecientemente autoritarios de Venezuela y Nicaragua, e incluso al cierre de los canales del pluralismo en Bolivia).