La formalización de la autonomía indígena en el contexto de la descolonización del Estado boliviano presenta nuevas oportunidades de reconciliación entre las comunidades originarias y la sociedad mestizo-urbana, pero en el altiplano andino este proceso ha quedado estancado. Los mecanismos de autogobierno de los pueblos indígenas de tierras altas, conocidos en su conjunto como el sistema del ayllu, responden a lógicas que no son fácilmente compatibles con el modelo de Estado-nación y de representación por partidos políticos.
Tanto los órganos del gobierno como las ONG’s que trabajan en territorios indígenas han tenido que enfrentarse con sistemas de pensamiento basados en conceptos de desarrollo, liderazgo, derechos y propiedad que son ajenos a los modelos occidentales.