Los zapatistas consideran que lo que está ocurriendo en Chiapas es consecuencia de un reacomodo territorial y que el Tren Maya es uno de sus pilares. Para ellos, la distancia con el actual gobierno es pronunciada y sin puntos de convergencia, pero les asiste toda la razón en que la situación de los territorios en que habitan y la andanada de grupos armados contra ellos tienen que ser atendida con la urgencia del caso.