Seis relatores de procedimientos especiales de derechos humanos enviaron al Estado mexicano, a través de la Oficina de la Alta Comisionada de Naciones Unidas para los Derechos Humanos, un documento en que expresaron “graves preocupaciones” en torno al Tren Maya en temas de territorios, desalojo y derechos a la salud; el efecto negativo en el derecho de los pueblos indígenas a sus tierras tradicionales, consulta sin estándares internacionales, estudios de impacto ambiental irregulares y por posible hostigamiento, criminalización, difamación contra personas defensoras de derechos humanos, así como la posible militarización de la zona.